1899年,荣禄委派袁世凯署理山东巡抚,就是想打压义和团的声势。袁世凯带着武卫右军开赴山东。对于随军的段祺瑞来说,此次山东之行实在是“杀鸡用牛刀”,他的炮队是为了对抗洋人才组建起来的,用着大刀长矛的义和团在他眼里实在是不堪一击。但是,这毕竟是袁世凯和他的初次出征,即便是面对义和团这样的群众武装,他们也丝毫没有手下留情,到了山东以后,开始大举整肃义和团,将义和团驱逐出了山东。
(三)
1900年5月18日,段祺瑞的原配夫人吴氏病逝。段祺瑞与吴氏成婚于1886年,彼时他正在天津武备学堂就读,两个人相扶相携十四年,也算品尝过无数酸苦。在妻子的葬礼上,段祺瑞见到了妻弟吴光新,当时二十五岁的吴光新已经是一个高大英武的青年人,段祺瑞发现,记忆里拖着鼻涕到处跑的小舅子如今变得愈发成熟,聊起时事颇有一些见地。吴光新,字自堂,一作植堂,江苏宿迁人,得到段祺瑞赏识的他得以进入日本陆军士官学院就读,日后亦成为皖系军阀中的重要成员。
三个月后,八国联军攻克北京,慈禧太后带着光绪帝夹着尾巴往西边跑,整个北方只有袁世凯待过的山东划境自保,在义和团的兴起之地,既没有战争,也没有洋人被杀的事件。于是等到八国联军撤出北京后,慈禧太后下旨大肆诛杀义和团,袁世凯又立了一功。1901年11月7日,李鸿章去世,一代名臣撒手人寰之后,接手的人选只剩下了袁世凯。