五是史学批评的发展。郑樵的《通志》是一部纪传体通史，但这部史书中突出的是史学批评精神。《通志·总序》对宋代学术作了一个总的评价，是“经既苟且，史又荒唐”。他在《诗辨妄》中主张：“《诗》、《书》可信，而不必字字可信。”从前一阶段的疑古惑经到史学批评的深化，是史学发展的重要方面，也是人文精神在史学中的反映。
六是史学的理学化的发展趋向与坚持史学自身独立发展之间的矛盾在发展。郑樵在《通志》中批评理学是“空谷寻声”的虚无之学，提倡史家写史应当只记实事，不应当任情褒贬。朱熹强调史书记实事的要求，却又要使史学会归理学之纯粹，以宣传天理纲常之正，基于这一点，他不满意司马光的《资治通鉴》。朱熹改作的《资治通鉴纲目》确实做到了“岁周于上而天道明矣，统正于下而人道定矣，大纲概举而鉴戒昭矣，众目毕张而几微著矣。”[23]这是一部典型的理学化了的史书。就总体来说，史学出现了理学化的倾向，但没有成为理学的附庸。
第四阶段是从理宗朝（1224年）到南宋灭亡即帝昺祥兴二年（1279年）。南宋后期，朝政腐败是一日盛于一日，中兴梦破灭了。理学家地位日益上升，而理学也发生了新变化，一方面朱陆水火，又一方面朱陆门人相互出入，其流弊则是朱学流于训诂，陆学流于禅。前一时期史学思想是生机勃勃，南宋后期史学思想显现出来的是杂驳景观，文献学重训诂、重考订之风渐盛。史学思想的主题也是两个：言边阃，讲节义。分而言之：